第一阶段，1949年～1978年，从到农业合作化、化阶段。全市老解放区是在解放战争时期进行的。新中国成立后的1950年6月，中共南通地委召开扩大会议，讨论通过新解放区工作方案。至1951年1月，新区全面开展，于年底结束。全市没收、征收土地总面积的45%，270万无地、少地的农民分得300多万亩土地以及耕畜、家具、房屋、粮食等。封建土地制度在南通被彻底摧毁。后，南通农村按照中央“积极发展、稳步前进”的方针，普遍发展农业生产互助组，引导农民走组织起来的道路。至1952年4月，全市已建立固定性互助组8699个，临时性互助组20327个。在互助合作的基础上进一步发展初级农业社、高级农业生产合作社。至1956年3月，全市农业合作化基本结束。据统计，共有合作社3812个，入社农户达总农户的95.91%。其中高级社3641个、初级社171个，入社农户分别占总农户的95.16%、0.75%。和农业社会主义改造调动了广大农民群众的生产积极性，全市农业很快得到恢复发展。1957年，农业总产值比1949年增长八成；粮食总产跨过了100万吨大关，达到111万吨，比1949年增长31.3%；棉花、油料总产分别是1949年的6.2倍、1.6倍。1958年8月，根据中共中央《关于在农村建立问题的决议》，南通全市部署化运动。10月7日，全市实现化，共建立238个政社合一的，入社农户占农户总数的99.5%。起初以生产大队为基本核算单位，后来调整为“三级所有，队为基础”，以生产队为基本核算单位。这一阶段，农业经济以单一的种植业为主，辅之畜禽鱼等称之为副业的养殖业，而种植业又以纯粮纯棉为主。一些公社和生产大队开始兴办为农业生产服务的企业，谓之社队企业。由于实行统一管理、集中经营的体制，管理方式以“出工一窝蜂，分配一拉平”为特征，严重束缚了广大农民群众的生产积极性，相当多的农民衣单被薄，腹内苦饥。

第二阶段，1979年～1984年，废除体制，确立以家庭联产承包经营为基础，统分结合的双层经营体制阶段。这一阶段是改革农村旧的经济体制，形成新时期农村经济制度的阶段。党的十一届三中以后，全市农村首先在生产队内部，建立起若干个常年相对固定的作业组，实行联产到组的责任制。1980年9月中共中央《关于印发进一步加强和完善农业生产责任制的几个问题的通知》下发后，全市普遍推行了联产到劳生产责任制。在党的十二大精神指引下，1982年秋播到1983年春，全市全面推行家庭联产承包经营责任制，实行统分结合的双层经营体制，使之成为南通农业经营的主体形式。1983年下半年，贯彻中共中央、国务院《关于实行政社分开、建立乡政府的通知》，全市全面废除农村建制，并以其行政区为基础，建立了262个乡人民政府和31个镇人民政府。与此同时，取消生产大队，建立了4798个行政村和村民委员会。1984年，按中央统一部署，全市完成了延长土地承包期十五年不变和发放土地使用证工作。在农村第一步改革阶段，通过推行家庭联产承包经营责任制，广大农民的生产积极性象火山爆发一样喷射出来，长期未能解决的温饱问题很快迎刃而解。

第三阶段，1985年～1991年，推进农产品流通体制改革和农村结构调整阶段。这一阶段，开始探索以市场化为取向的农村改革，发展乡镇企业，全面繁荣农村经济。1985年，中共中央、国务院发出《关于进一步活跃农村经济十项政策》，对农产品购销体制进行改革。取消了农副产品统购派购制度，对粮、棉、油等少数重要产品，实行尊重农民自主权的国家计划合同定购的新政策，并逐步放开肉、禽、蛋、奶、鱼、菜、果等农产品的购销价格，实行随行就市。我市为适应这一改革，迈出了全面发展农业和农村经济的新路子。积极调整农业产业结构，在稳定发展粮食生产、不断提高主粮自给率水平的前提下，大力发展经济作物和特种农产品种植，促进多种经营的发展，提高土地产出率和资源利用率。乡镇企业蓬勃发展，1991年产值达115.9亿元，占全市社会总产值的30.39%，并以工建农、补农。当年，农村三次产业之比由1978年的81.1：14.5：4.4调整为22.9：68.8：8.3，实现了由一、二、三到二、一、三的进步。全市绝大多数行政村都恢复了村经济合作社、农工商公司（实业公司）等村集体经济组织，承担原有村经济组织的管理和服务功能，家庭联产承包责任制得到巩固完善，并逐步从种植业向林牧副渔业拓展，从农业向工商建运服等农村经济的各个领域延伸。全市农村经济登上了新的台阶。

第四阶段，1992年～2002年，围绕建立社会主义市场经济体制的总体目标，深化整个农村改革阶段。这一阶段是农村改革的深入阶段，涉及农产品流通体制、农产品要素的进一步改革，最重要的是从2001年中国加入世贸组织后，全面开放了农产品市场。全市继续推进农副产品流通体制改革，积极发展以贸工农一体化为特征的农业产业化经营，突出抓好基地、龙头企业、市场三大要素；努力建设具有南通特色的城郊型、外向型高效农业体系，全力发展适应以上海为中心的长江三角洲大中城市群消费需求的城郊型农业，大力发展面向国际市场的外向型农业，提高农业的市场化、国际化水平。全市农村积极推进多种经营百项投入工程，扎实开展以多种经营为重点的农业亿元乡镇、千万元村、百万元组、十万元户活动。下大力气建设优质特色农副产品基地，实施农业品牌战略，培育壮大主导产业，初步建成高效农业的结构框架，努力建设稳定的种植业、发达的养殖业、一流的园艺业、先进的加工业、活跃的流通业。南通在全省率先推行乡镇企业产权制度改革，建立起充满活力的乡镇企业发展新机制。在农村集体土地使用上，一方面积极探索建立土地流转机制；一方面按中央政策，完成新一轮延长土地承包期30年不变的工作。这一阶段，农业结构和农村产业结构进一步优化，乡镇企业持续增长，个体、私营经济迅速崛起，农村市场体系建设和小城镇建设步伐加快，农村经济实力显著增强，全市乡乡镇镇基本实现小康。

第五阶段，2003年～现在，统筹城乡经济社会发展新阶段。这一阶段，国家对农业实施反哺政策，由过去农业支持工业、农村支持城市，转变为工业反哺农业、城市支持农村，进入一个新的历史时期。最突出的标志是从2006年1月份开始，农业税退出历史舞台。国家随后又实施了粮食直补、良种直补、农机购置补贴、农资综合补贴和农业政策性保险等惠农政策。统筹发展城乡交通和教育、卫生等社会事业。全市认真贯彻落实中央6个一号文件，通过比较成熟的农业政策支持体系，加快形成构建统筹城乡发展的制度。南通把中央提出的“生产发展、生活宽裕、乡风文明、村容整洁、管理民主”的要求与本地实际相结合，创造性提出以“民富、村美、风气好”为目标推进社会主义新农村建设。为此，一是做好“地”的文章，突出抓高效农业规模化；二是做好“人”的文章，突出抓就业创业全民化。同时，搞好农民住宅集居点的规划和建设，突出农村河道整治和垃圾处理，切实加强交通基础设施建设，积极推进农村绿化，全面推进村级公共服务中心建设，努力改善农村的生产生活环境，促进社会风气的全面好转。这一阶段南通历史上农业和农村发展最快最好的时期，高效农业长足发展，社会主义新农村建设取得了令人瞩目的显著成绩，南通市以市为单位全面达到省定小康指标，进入“全面达小康”阶段。