长期以来，农村基层党组织设置多数是以村或按自然居住区域划分，但随着我国社会主义市场经济的不断发展，农村市场化进程加快，农村经济发展呈现出明显的专业性分工和多层次经营，农村党员流动量增大，中心村建设加快，使原来传统条件下的基层党组织设置和管理体制出现了“三个不适应”：一是生产经营的组织化、集约化与党组织设置的区域化不相适应，使村级党组织“空巢化”；二是党员的流动性、专业性与党内教育管理方式不相适应，使党员“边缘化”；三是产业组织管理的松散性与实现党的领导不相适应，使党组织不能充分发挥领导核心和战斗堡垒作用。

科学合理地设置农村基层党组织，是加强农村基层党组织建设、发挥党组织作用的前提。各地要以科学发展观为统领，主动适应农村经济社会发展的需要，在坚持按地域、建制村为主设置党组织的基础上，按照有利于促进农村经济社会发展、有利于充分发挥党组织作用、有利于加强党员教育管理、有利于扩大党的工作覆盖面的原则，积极探索农村基层党组织的设置形式，不断优化各种组织资源配置，巩固和扩大党的覆盖面，实现党的有效领导，为建设社会主义新农村与构建社会主义和谐社会提供坚强的组织保证。

一要适应并村后党员人数增加的变化，及时升格村级党组织。《党章》规定，基层党组织设置形式应按照工作需要和党员人数来确定。党员人数在100名以上、党建基础较好、经济发展具有一定规模和特色的村，可建立村党委；党员人数在50人以上的可设立党总支。升格后的村党委（党总支）仍隶属于乡镇党委领导。村党委（党总支）应按照地域相邻、行业相近、优势互补、便于管理的原则，下设若干党支部，党支部书记一般由村党委（党总支）委员兼任。

二要适应农村产业结构调整和农民专业合作经济组织快速发展的形势，及时设置产业党支部。依托农民专业合作经济组织、农业龙头企业、农业示范基地或主导产业等设置产业党支部，把党支部的组织领导、政策引导、发动群众等方面的优势与农村经济组织的技术、信息、市场、资金优势结合起来，解决一家一户办不了、办不好或办了不划算的事情，化解小生产与大市场的矛盾，提高农民进入市场的组织化程度。这些产业党支部可以隶属于所在村党委（党总支），也可以突破区域设置，隶属乡镇党委。

三要适应党员在产业间的转移和地区间的流动日益广泛和频繁的趋势，在流动党员中设置党支部。在流动党员集中的地方建立党组织，注重为党员提供服务，寓管理于服务之中，在服务中加强管理，构建以流入地党组织管理为主，流出地党组织和流入地党组织密切配合、有机衔接、双向互动、共同负责的流动党员管理的长效机制，使他们“人行千里有党管、外出务工不脱党”，让外出务工党员得到有效的教育管理，扩大党的工作覆盖面。

四要适应城乡一体化的发展趋势和推进社会主义新农村建设的需要，建立农村社区党组织。在村庄规划比较完善、农民居住比较集中、产业特色比较明显、经济比较发达的村，可依托农村住宅小区或中心村（片），建立农村社区党组织，根据农村社区的特点，积极探索加强农村社区党建工作的有效途径和方法，在创新机制、促进发展、服务群众等方面大胆实践，充分发挥农村基层党组织和党员在建设社会主义新农村中的战斗堡垒和先锋模范作用。

五要适应党员从业结构多元化的趋势，优化农村党小组设置。打破原有按自然村、村民小组设置党小组的单一形式，按照党员年龄、特长、分布、从业情况和农村工作的需要，结合无职党员设岗定职，设置科技示范型、市场信息型、普法民调型、参谋顾问型等不同类型的党小组，努力做到教育党员更有效，服务群众更直接，推动发展更有力，更好地发挥村党组织的领导核心作用和党员的先锋模范作用。