国家“863计划”现代农业技术领域通过攻关精细定位和克隆一批重要性状的有利基因，开发一批功能标记，奠定了开展分子标记育种的技术基础

在水稻上，成功开发控制稻米品质形成的淀粉合成相关酶基因分子标记35对，精细定位和图位克隆水稻籽粒宽度基因GW5、显性矮秆基因（dx）、水稻穗部性状突变体ap、水稻花粉隐性核不育基因ms～nop、香味基因和红莲型恢复基因Rf6（t）；获得水稻白化基因共分离SSR标记3个，第4染色体上白背飞虱拒食抗性基因qSI～4的分子标记M3013和M6603、第6染色体上白背飞虱杀卵抗性基因qOVI～6的特异分子标记M2324和M2529、第3和第6染色体上大粒基因（GW3,GW6）的特异标记RM282、RM6836、第2染色体上少蘖基因（ft）的分子标记RM6874和RM5764等

开发出小麦高分子麦谷蛋白亚基By8、By16、Dx5、Bx14和Bx17，低分子量麦谷蛋白亚基Glu～D3、Glu～B3基因单元型及多酚氧化酶活性（Ppo～2A,2D）、黄色素（Psy～A1）和抗穗发芽（VP～1B）基因的功能标记；获得小麦抗条锈新基因YrC108、YrC142、YrC110和Yr26，抗白粉病基因Pm6和Pm12，抗赤霉基因（3B）和抗黄矮病基因Bdv2的分子标记。

在玉米染色体2和3上获得2个“一致性”抗病丝黑穗病基因的SCAR标记scar～195（2.6cM）和scar～111（2.4cM），抗玉米纹枯病QTL的临近SSR标记umc1245（0.01～5.89cM），第6和第9号染色体上的抗穗粒腐病QTL邻近分子标记aggcaa675和acactt825。

获得大豆耐盐基因的CAPS标记1个和SNP标记4个，大豆过敏蛋白GlymBd28K的In/Del标记1个。在大豆B2和L连锁群检测到2个产量QTL，获得稳定表达的四粒荚和单荚粒数QTL，在A2连锁群的Satt424~Sat_162区间检测到干豆腐和干豆乳得率主效QTL各1个，在连锁群H上qRMC～h～1和D1b连锁群上qRMC～d1b～2区间检测到抗筛豆龟蝽QTL。

开发油菜含油量相关功能基因标记65个，蛋白质含量的功能标记ESTP35，芥酸功能基因的Indel标记1个，油酸合成基因FAD2的SCAR标记1个。将油菜黄种皮基因定位于拟南芥的第5染色体，并获得两侧分子标记距黄种皮基因的距离分别为0.36cM和0.56cM，在甘蓝型油菜LG20连锁群上检测到2个硫苷含量QTL，获得4个与油酸含量相关的QTL（OAQ1、OAQ2、OAQ3和OAQ4），位于N13、N8、N13和N1连锁群，3个抗甘蓝型油菜菌核病QTL，3个花生油份含量QTL（oilc01、oilc02和oilc03），6个花生抗黄曲霉侵染QTL。

开发出抗马铃薯晚疫病基因的CAPS标记8个和AFLP标记14个。获得白菜雄性不育AFLP标记8个，甘蓝显性雄性不育基因Ms标记12个，抗番茄黄萎病基因的SSR和AFLP标记4个，抗CMV基因的ISSR分子标记2个，抗根结线虫基因的AFLP分子标记1个，黄瓜苦味基因的SCAR标记SC87。在林木上，获得桃有毛/无毛的SCAR分子标记，桃果实酸基因的SCAR分子标记，桃白肉基因的分子标记UDP98～407(680bp)，樱桃自交可育性状基因的共分离AS～PCR分子标记。

克隆出在杨树木材形成后期特异表达基因的启动子3个，从毛白杨形成层cDNA中分离出PtABP1基因全长cDNA序列，获得与杨树次生生长相关的蛋白AAO49811。