1、基金使用更科学。第三周期管理办法将基金使用进行了调整，即：将个人每年缴纳的10元钱全部纳入个人家庭账户，以户为单位由本户家庭成员使用，参合农民自己交纳的钱由自己花。家庭账户基金没有动用或没有用完的可转入下一年度继续用于门诊报销。参合农民在镇卫生院门诊或定点一体化卫生室看病所花费的医药费可按比例先从家庭账户予以报销，家庭账户用完后，可在镇卫生院门诊继续报销。

2、报销补偿标准提高了。在村卫生室和镇卫生院的门诊报销提高了5个百分点；在镇卫生院住院报销提高了10个百分点；在区及区以上医院住院报销提高了5个百分点。住院报销封顶线由原来的1万元提高到1.5万元。

3、将住院分娩纳入了报销范围。在区内定点医疗机构住院分娩的，平产每人次补偿100元，剖宫产每人次补偿200元。

4、外出务工人员也可以报销。外出务工人员在外地政府主办的医疗机构发生的医疗费用，可持合作医疗报销的有关手续到户口所在地办理报销。

5、进一步明确了以户为单位参加的规定。如果发现家庭成员应参加合作医疗而未全部参加，存在户漏人现象的即取消该户的参合报销补偿资格。

6、区内就诊更加方便了。参合人员在区内定点医疗机构就诊可自由选择医疗单位，不需办理转诊手续。但到区外其他医疗机构就诊仍需办理转诊手续。镇卫生院将选派优秀医务人员到村卫生室轮流坐诊，使群众不出村就能享受到和镇卫生院一样的医疗诊治和服务。